根據征求意見稿，過去由環保部門“自收自管”的排污費征管模式，將改為“企業申報、稅務征收、環保協同、信息共享”的環保稅征管模式。有業內人士認為，這會導致監管成本上升。在新稅制下，環保部門移交出去的只是****道的申報以及**后一道的征收，這兩道手續本來工作量就不多，**重要、**繁雜的審定、核定環節依然留在環保部門了，兩部門之間協調成本一下子增加很多。

  環保部門要把自己的利益尾巴割掉。今后環保稅就由稅務部門獨立征收，別再把環保部門扯進來了，因為這會使環保部門依然對應納稅額說了算，導致稅費彈性依然存在，缺乏法律剛性。他建議，環保部只需監督企業依法申報排污數據，并與稅務部門數據共享；日后如果發現數據異常，稅務部門可以聯合環保部門展開稅收稽查。

  國務院法制辦在此前的一份關于環保稅的說明文件中表示，為促使企業減少污染物排放，征求意見稿規定，對超標、超總量排放污染物的，加倍征收環保稅。當應稅額跟排放標準掛鉤。本地一些印染企業達標排放狀況不容樂觀，由此導致被加倍征收排污費；隨著“費改稅”實施，20CrMnTi無縫管企業的負擔還有可能進一步加重。